W ciągu 25 lat swojej działalności Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Krakowie przyznał fundusze unijne 2 milionom beneficjentów. Wśród nich są Wodociągi Miasta Krakowa, które były nagradzane statuetką Ekoliderów za swoje działania na rzecz ochrony środowiska. Projekty „Gospodarka wodno ściekowa w Krakowie – Etap II”, „Gospodarka wodno ściekowa w Krakowie – Etap III”, „Gospodarka wodno ściekowa w Krakowie – Etap IV” zostały zrealizowane z dofinansowaniem  w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007 – 2013, w latach 2013 do 2015. Całkowity ich koszt wyniósł 189 762 045,64 zł  (netto) z czego wkład własny Wodociągów Miasta Krakowa opiewał na kwotę 103 607 625, 69 zł (netto), a przyznane dofinansowanie wynosiło 86 154 419, 95 zł (netto). W ramach projektów zmodernizowano m.in. Zakład Oczyszczania Ścieków Kujawy, wybudowano zbiorniki wodociągowe Górka Narodowa - Wschód, wybudowano ponad 9 km nowej sieci kanalizacyjnej, a także wyremontowano ponad 5 km kolektorów ogólnospławnych.
 
„Gospodarka wodno-ściekowa w Krakowie – Etap II”
 
W ramach „Modernizacji i rozbudowy oczyszczalni ścieków Kujawy” przeprowadzono modernizację i rozbudowę części mechanicznej, biologicznej i osadowej. Uzyskano wyższą efektywność oczyszczania ścieków. Spełniono warunki Dyrektywy 91/271/EWG w zakresie usuwania związków azotu. W ramach kontraktu „Budowa kanalizacji sanitarnej w ulicach: Obozowej, Glogera, Wyciąskiej w Krakowie” powstało 2,5 km nowej sieci kanalizacyjnej.   

„Gospodarka wodno-ściekowa w Krakowie – Etap III”
                                     
W ramach tej inwestycji powstały m.in. dwa ogromne Zbiorniki Wodociągowe Górka Narodowa, każdy o pojemności 15 000 m3, wraz z infrastrukturą zewnętrzną. Celem inwestycji było zapewnienie rezerwy wyrównawczej i awaryjnej, dla północno – wschodniej części miasta. Modernizacji poddano ponad stuletni kolektor biegnący od ul. Rollego do ul. Stoczniowców i od ul. Czarodziejskiej do rzeki Wilgii.

„Gospodarka wodno-ściekowa w Krakowie – Etap IV”
 
Fundusze przyznane z WFOŚiGW przeznaczono na refundację wcześniej zrealizowanych działań, były to: rozbudowa stacji zlewnej w Zakładzie Oczyszczania Ścieków Płaszów, budowa sieci kanalizacyjnej z przyłączami w rejonie os. Łęg i os. Lesisko - Mogiła oraz budowa sieci wodociągowej w ul. Wiśniowieckiego, budowa sieci kanalizacyjnej DN 80 cm w ul. Białoprądnickiej i ul. Pasteura, budowa kolektora ogólnospławnego odciążającego w ul. Grota Roweckiego i Bobrzyńskiego oraz budowa kanału ogólnospławnego w ul. Czerwone Maki, remont kapitalny rurociągu lewarowego południowego wraz z przyłączami do studni infiltracyjnych w ZUW Bielany, modernizacja systemu dezynfekcji wody pitnej w ZUW Raba (ultrafiolet), przebudowa magistral wodociągowych DN 800 600 mm oraz sieci wodociągowej z przyłączami w nowoprojektowanej ul. Kuklińskiego w Krakowie, przebudowa magistrali wodociągowej DN 800 mm w ul. Kościuszki w Krakowie Etap I wraz z siecią wodociągową DN 150 mm i DN 200 mm.