Od zakończenia awaryjnego zrzutu do Motławy trzy instytucje krzyżowo badają jakość wody. Sanepid i SNG w kąpieliskach, a WIOŚ w rzece Motławie, a także wody oddalone od linii brzegowej Zatoki Gdańskiej. Wszystkie badania wskazywały, że jakość badanej wody spełnia wymagania prawne.

W piątkowym komunikacie nt badań WIOŚ poinformował o wynikach badań wód Zatoki Gdańskiej zrobionych 4 dni od zakończenia zrzutu ścieków do Motławy. W konkluzji badań czytamy: Nie zauważono po 4 dniach od zaprzestania zrzutu ścieków do Motławy wpływu na wody Zatoki Gdańskiej.

Z kolei z ostatnich wyników opublikowanych przez SNG, wynika, że jakość wody w badanym zakresie, tj. obecność bakterii Escherichia Coli oraz bakterii z grupy Enterokoków, odpowiada wymaganiom sanitarnym rekomendowanym dla wody w kąpieliskach. Porównując wyniki badań SNG z 18 maja i 21 maja można stwierdzić, że jakość wody się polepszyła, a poziom bakterii Enterokoki i E. Coli maleje – znajduje się w dolnych granicach.