Próbki wody są pobierane w kilku punktach kontroli jakości wody z rzeki, które zostały uruchomione na odcinku warszawskim oraz w 7 lokalizacjach na terenie woj. Mazowieckiego:

Nowy Dwór Mazowiecki, plaża;

Zakroczym, plaża;

Czerwińsk, Bulwar Wiślany, pomost;

Okolice Wyszogrodu, około 0,5 km przed ujściem Bzury;

Okolice Wyszogrodu, około 3 km za ujściem Bzury;

Okolice Zakrzewa Kościelnego;

Płock, pomost.

Zakres badań wykonywanych przez certyfikowane laboratoria MPWiK obejmuje parametry chemiczne oraz mikrobiologiczne wody w Wiśle.