Projekt został przygotowany z uwagi na to, że dotychczas obowiązujące rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 6 maja 2016 r. w sprawie wykazu substancji priorytetowych (Dz. U. poz. 681), zgodnie z art. 566 ust. 1 ustawy z dnia 20 lipca 2017 r. Prawo wodne (Dz. U. poz. 1566 i 2180 oraz z 2018 r. poz. 650 i 710), zachowuje moc do dnia wejścia w życie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 114 ustawy z dnia 20 lipca 2017 r. Prawo wodne, jednak nie dłużej niż przez 18 miesięcy od dnia wejścia w życie ww. ustawy.
Rozporządzenie jest także wypełnieniem obowiązku transpozycji dyrektywy 2008/105/WE w zakresie substancji priorytetowych w dziedzinie polityki wodnej, oraz dyrektywy 2013/39/UE zmieniającej dyrektywę 2000/60/WE i 2008/105/WE.